Dr. Eggman sa po poslednej bitke záhadne vytratil zo Sonicovho života. Sonic odhalí šokujúce tajomstvo, keď sa dozvie, kde sa doktor nachádza. Okrem Sonica pátra po Eggmanovi ešte niekto – jeho starý rival, Ježko Shadow! Čaká ho strhujúce dobrodružstvo plné zvratov, akčných bojov a záhad! Sonic však vďaka nemalej pomoci priateľov – vrátane nového spojenca – veľmi rýchlo prekoná všetky prekážky!
